孙恩显示出了可笑的短视。旗开得胜时，他向信徒们承诺“我们马上要到建康坐天下了”；听说北府兵来了，孙恩立即收缩了大目标，说：“就算我只割据浙东，总也能做勾践第二！”北府兵渡过浙江后，孙恩就说：“我并不觉得逃跑是丢人的事情。”谢琰、刘牢之兵临会稽城下，孙恩根本不作抵抗，掳掠男女20余万人逃往海岛。

东晋朝廷在形式上收复了全部失地。海岛上的孙恩保有不可小觑的军力，不断骚扰浙东各郡县。

二

400年，孙恩在海岛上窥伺时机。获胜的谢琰镇守会稽。谢琰自负在淝水大破苻坚大军的战功，将孙恩视为“小贼”不放在心上，会稽守备松懈。孙恩登陆突袭，连破余姚、上虞等县，进攻会稽。谢琰草率领兵迎战，兵败后被部下所杀。谢琰的死，从微观上来看是朝廷和孙恩力量角逐的一次反复，从宏观上来看则标志着门阀士族力量从此丧失了军队实权：谢琰死后，再也没有世族子弟担任重要的军事职位。一来是世族子弟不屑于领兵打仗这种“俗事”，二来是长期养尊处优的世族子弟们也没能力领兵打仗——这点从王恭骑不了马就能看出来。

世族子弟不行了，朝廷只能依靠寒门人士了。当年年底，刘牢之负责东征孙恩，率领北府兵寻找孙恩决战。孙恩不敢接战，再次主动退入海岛。刘牢之就屯兵上虞等处，监视孙恩。

朝廷镇压孙恩的军事行动，让一个中年军官开始为人瞩目。他就是刘牢之派去卫戍句章城（今浙江宁波南鄞江南岸）的刘裕。刘裕是刘牢之的部将，曾受命率数十人侦察义军的行动。侦察途中，刘裕遭遇起义军数千人的包围。他没有丝毫胆怯与犹豫，勇敢地率领侦察小分队投入战斗。结果所有随从都战死了，刘裕也坠落到水中。部分起义军到岸边，想下去捉拿刘裕，刘裕挥舞长刀砍杀了好几个人，重新登岸大叫着与人决斗。最后，起义军不再与他纠缠，过路而去了。刘裕奇迹般地生还，并报告了起义军的动向。刘裕作战勇猛，披坚执锐，冲锋陷阵，让同伴和长官刮目相看。刘裕不仅勇猛凶悍，而且带兵有方，在部队的声望越来越高。句章城很小，刘裕部下战士只有数百人。刘裕身先士卒，经常被坚执锐冲锋在前，每战都摧锋陷阵，能击破敌军，使得小小的句章城成了朝廷在沿海的坚固堡垒。东征的其他官军毫无军纪，到处劫掠，涂炭百姓，只有刘裕治军整肃，法纪严明。百姓们都喜欢投奔刘裕的军队寻求保护。因为讨乱有功和刘牢之的赏识，刘裕战后被朝廷封为建武将军，领下邳太守。

401年二月，孙恩第三次登录掠战。他率大军进攻句章，攻不下来，反而遭到刘牢之率军反击，不得不退走入海。三月，孙恩攻海盐，依然攻不下来。这回是刘裕带兵来救援海盐，孙恩主动退兵，北上进攻沪渎（今上海）。沪渎被孙恩攻克，包括吴国内史袁崧在内的4000官兵被杀。孙恩部队士气大振，六月乘胜逆长江而上，又成功攻克丹徒。至此，孙恩部队再次迅速膨胀，拥众10余万，楼船千余艘，军旗遮天蔽日。

丹徒离建康很近。朝廷守卫建康的兵力薄弱。司马元显一边戒严，一边急调在浙江的北府兵遣将入卫京师。停驻海盐的刘裕，率不满千人的小部队长途驰援建康。短视的孙恩这时又犯了一个致命错误：他没有抓住建康空虚的良机，派出轻兵进攻建康，而是坐在高高的楼船上，指挥十几万人的大部队一起进军。那楼船几层楼高，非常笨重，又是逆江而上，行进速度非常缓慢，很快就被刘裕的部队在镇江追上。孙恩仗着人多势众，这回敢和刘裕正面交战了。他率部队登陆，抢占镇江的蒜山，阻击刘裕。刘裕所部不顾劳累，毅然猛攻蒜山。孙恩起义军为乌合之众，很快溃散。孙恩退至船上，放弃陆路，全力从水路进逼建康。刘裕在岸上随行监视。起义军的楼船实在太慢了，又花了好几天才到达建康郊外的白石垒。眼看建康就在眼前了，可惜刘牢之率领的大部队也赶到了。孙恩毕竟心虚，不敢主力决战，放弃攻打建康，分兵袭取北岸的广陵（今江苏扬州），再率主力北上进攻郁洲（今江苏云台山），打败高雅之率领的晋军。不过，这只是孙恩起义军的回光返照而已，之后再次退入大海。

孙恩从海上南下，402年入寇临海郡。海上毕竟生活不便，依赖陆地补充给养，所以孙恩盘踞海上一段时间后总得登陆劫掠。不想临海的晋军勇敢迎战，击败了孙恩。孙恩穷困不堪，对前途丧失信心，投海自杀。

三

孙恩死后，余众推孙恩的妹夫卢循为首领，盘踞在浙江东南沿海。

卢循也出身世族，因为门第不高，南渡较晚，在东晋遭到排挤。他起兵同样带有浓厚的私心。朝廷就对卢循施以怀柔，任命他为永嘉（今浙江温州）太守，希望招安起义军的余部。卢循接受了任命，可依然率领部队在现在浙江金华、温州一带劫掠。朝廷痛下决心，派刘裕南征，力求斩草除根。卢循在流域的追击下，泛海而逃。

卢循率众向南逃亡，越过福建，来到了广东沿海。404年，卢循攻陷番禺（今广州），酿成大乱。东晋朝廷考虑广州偏远，鞭长莫及，并在第二年（405年，义熙元年）顺水推舟提升卢循做广州刺史。卢循和起义军能够在南海一隅安定下来，不作乱，尊奉朝廷，未尝不是解决问题的一个方法。卢循也有这个意思。他自己做了广州刺史，成了一方藩镇，又任命姐夫徐道覆做始兴（今广东韶关）相，扼守南岭，大有关起门来安居岭南的意思。

可是徐道覆却不甘寂寞，一心要卷土重来。在广东的五六年时间里，徐道覆暗中操练兵马、打造军械，怂恿卢循北伐。相对应的是，北方的东晋实权逐渐落入刘裕的手中。刘裕掌权后的主要精力在北方，发动了多次北伐。徐道覆见刘裕远征在外，大军一时难以返回，觉得是东山再起的良机，便不征求卢循意见，在义熙六年（410年）二月从始兴北伐。卢循阻止不及，不得不参与行动。卢徐兵分两路，卢循攻长沙，徐道覆进入江西。